WordPressってときどきダメなことがあります。
そのひとつがこれ。

「記事のカテゴリが階層構造になっているとき、記事作成でカテゴリを選ぶと、それまでインデント表示（階層が下がると段差表示してくれる）されていたのに、フラットになってしまう（段差がなくなってしまう）件」

なんて不親切なんだろうと思います。

直しましょう。

テーマのfunctions.phpに下記を記述すれば一発解決！

function kaiza_wp_category_terms_checklist_no_top( $args, $post_id = null ) {
    $args['checked_ontop'] = false;
    return $args;
}
add_action( 'wp_terms_checklist_args', 'kaiza_wp_category_terms_checklist_no_top' );